文艺复兴以来的近代科学和哲学一致强调理性的尊严，或者要求把宗教建立在理性基础之上，或者把宗教信仰视为反理性的迷信而予以否定。这种理性主义表现为各种形式的反对信仰主义和蒙昧主义的启蒙思潮和公开的无神论。宗教信仰主义的反理性实质，主要就表现在对宗教神迹的信仰上。在理性启蒙主义看来，一切神迹，因其违反自然法则，都不能得到科学和理性的证明，因而都是荒谬的，相信荒谬的神迹，乃是愚昧无知的表现。

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当然，我们也应当注意到，在反对宗教神迹说坚持在理性基础上建立信仰的思潮中，也有不彻底的表现。主要有两种：一是「双重真理说」，一是「超理性论」。

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双重真理说把哲学的真理视为「理性的真理」，但却把宗教的主要教义说成是「信仰的真理」。双重真理说用在神迹问题上认为，神迹信仰虽不能用理性去加以证明，但却应信以为真。它一方面公开把神迹说贬入信仰领域，另一个方面，又在信仰领域为神迹保留生存的余地。

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「超理性论」的主要代表应该说是约翰‧洛克。他认为宗教信仰应该建立在理性基础之上。宗教信仰绝不能违反理性。一个人信什么，不信什么，都是依照自己理性的指导。这事实上是对神迹信仰之类宗教神秘主义的否定。但与此同时，洛克又承认某些宗教信条「如死后复活」之类的超乎理性的。所谓「超理性」，意即它们虽不能为理性原则所证明，却也并不一定违反理性，这种信仰与理性完全无关：

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这一类事情既然不是我们的自然能力所能发现出的，而且是超乎理性的，因此，当它们启示给我们时，它们就成了信仰的固有对象，就如说，有一部分天使曾经背叛上帝，失掉乐土，死后要起来，复生等等事情，都不是理性所能发现的，而且它们纯粹是信仰的事情，理性并与它们直接无关。

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「超理性主义」与「双重真理说」一样，既有反宗教神迹说的一面，又有在信仰领域内为神迹信仰保留余地的一面。

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在认识领域内，十八世纪英国经验派哲学家戴维‧休谟根据他的经验主义认识论对宗教神迹说进行过系统的分析与批判，他反对神迹的主要推论有如下几个方面。

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首先他认为，神迹是否存在，也和任何事实的存在一样，其证明只能依赖于经验的报导。当事实是否存在有互相冲突的两种证据时，人们总是选择证据较多的一方。证据越多，我们给予确信的程度就越大，对于从无例外的事件和证据，我们就视为自然法则的体现而予以最大的确信。所谓奇迹或神迹，本质上乃是违反和破坏自然法则而出现的独特而奇异的事件，是与日常生活的齐一经验相冲突的，可是我们的经验却又使我们确信自然法则和表现自然法则的齐一性经验。因此，任河神迹都不能得到经验的证明。

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其次，所有超自然的神迹和神怪传闻，主要充斥于野蛮无知的民族之中。如果一个文明民族也相信和流传此类传奇，几乎总是发源于其野蛮无知的祖先。随着我们日益接近于文明时代，此类传奇也在历史的卷页中相应地日渐稀少。「一个聪明的读者，在披阅这些神异的历史家的记述时，往往容易说，这类怪异的事情从来不曾发生于我们这个时代，这真是奇怪的。不过古往今来的人都是好撒谎的，这并不是什么希罕事。」休谟对旧约圣经的神迹说进行了大胆的解剖：

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摩西五经并不是上帝本人的语言和证据，而只不过是世俗作家和历史家的作品。我们将按此原则来考察。我们首先在这里看到的是一个野蛮无知的的民族提供给我们的一部书，它是在比他们更为野蛮的年代写的。它们没有为一致的证据所确证，而且彷佛是各民族对其起源所作的那些荒诞的说法。在读这部书的时候，我们发现它充满怪异和神迹，它所叙说的世界和人类本性的状况完全不同于现在的状况；关于我们从那种状况的堕落；关于人的年龄大到一千岁；关于世界为一次洪水所毁灭；关于一个民族被上帝任意选择出来作为他所宠爱的民族，而那个民族乃是作者的同胞；关于他们借助于最为惊人的神迹而从奴役中拯救出来。我希望任何一个人把他的手放在自己的心上，并在严肃地思考以后宣告：他是否会认为由这样一种证据所支持的一部书之为虚妄，会比它所叙述的神迹更为怪诞的神迹？无论如何，按照上述所定的或然性的标准，必须承认这部书是虚妄的。

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第三，休谟还从人性好奇的天生癖好论证了神迹信仰产生和流传的心理根源。普通民众由于好奇心的驱使，特别热衷于相信和传播神迹传奇，因为神怪的传闻会引起惊奇而又快意的情绪，故极易使人相信，人们总是如饥似渴地相信和传播各种稀奇古怪的传闻。宗教家则由于充当先知的虚荣心，便迎合听众的好奇心故意玩弄编造神迹传奇的骗术。听众的轻信增加了它的厚颜，他的厚颜也征服了听众的轻信。在休谟看来，神迹信仰是好奇心与宗教狂的结合，无知的轻信者与厚颜的说谎人相遇。

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休谟的哲学否定了因果联系的客观必然性，只承认经验的齐一性。这不能从根本上否定神迹说。单纯从经验的齐一性出发，只能否定神迹的可证性，而不能否定神迹的可能性。因为，如果没有因果必然性和自然法则的客观存在，神迹就无所谓破坏自然法则了。当然，我们总得承认，尽管有严重的理论缺陷，但休谟对神迹的否定，在态度上仍是坚决的。他把神迹信仰归结为轻信与欺骗的结合，与伏尔泰所谓宗教产生于傻子加上骗子的观点完全一致，是一种反对信仰主义、蒙昧主义的启蒙思潮。