随著作为氏族保护者的女性祖先的崇拜，也出现了对非氏族的亡魂或死于非命或犯罪处死的氏族成员的亡魂的控制，习惯上称为「鬼魂崇拜」。另外，在祖先崇拜不发展的一些民族内，本氏族的亡灵常视为不保佑后代的祟祸而加以控制，也可归入此类。

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鬼魂崇拜在我国新石器时代的墓葬遗址上有明显反映。例如，属于仰韶文化的西安半坡氏族墓葬，除了绝大部分头向朝西(故土方向)外，还有少数朝北、朝东、朝南，而朝北的多为俯身葬，且无随葬品，还有屈肢葬的，且是断肢折骨。按照半坡葬俗仰身直肢头朝西是正常葬式，这些特殊葬式的死者应属于不能同归氏族祖宗故土的鬼魂，他们或是本氏族的凶死者、犯罪处死者、夭折者，或是外氏族、敌对氏族的死者。从民族学资料来看，这些亡魂都视作凶魂、祸祟，故在葬式上特殊安排以图控制。如澳大利亚库尔奈部落、西伯利亚埃文克人、我国的怒族等都把敌对氏族部落的亡魂视作本氏族部落的灾祸，因而属于控制驱赶的对象。在某些民族的同一氏族内，祖灵与某些鬼魂也有严格区分者。如彝族认为不能归氏族故地与祖宗团聚永生的亡魂即变为「鬼」，游荡人间，危害人畜，所以把他们与自然魔鬼归为一类，成为控制驱赶的对象。如他们把患麻疯病而死的视作为与麻疯鬼(「粗」鬼)同类的病魔，在驱麻疯鬼仪式「粗尼木」上，要首先为之招魂，使脱离鬼魔状态而重新成为「亡灵」，然后在举行送魂仪式使归故土而成为「祖灵」，如招魂失败，即和麻疯鬼一起驱杀。这就是「祖先」与「鬼魂」的界限。由于彝族认为祖宗最爱护后代并有力地保护后代，所以特别重视送魂仪式，成为子孙对父祖的最大义务，也是社会最高道德规范。