一切宗教所崇拜的神灵都是超自然、超人间的实体，他(他们)统治者宇宙中的各种事物。一神宗教把众多神灵的全部神性和权能集中到唯一无二的上帝之手，上帝的威德和权能于是便膨胀到无限之大，成了全宇宙支配一切，操纵一切的主宰。这样一来，宇宙的一切现象，大而至于天地的创造，小而至于一只豆荚长几粒豆，都被说成是上帝的决定和安排。基督教的《圣经》说什么没有上帝的旨意，一根头发都掉不下来。奥古斯丁把这种说教发展为上帝的天命决定一切的命定论。伊斯兰教神学更是极端，宣称真主阿拉「周知宇宙一切事物，无论是现在的，或过去的，或未来的，无所不知」，「宇宙间的一切有始的事物都是造物主藉自己的能力，依自己的知觉而创造的。」物体的一切特性均是阿拉的创造与安排，并非物体固有的属性，也无自然的因果。按照基督教和伊斯兰教的上述教义，世界一切事物和现象及其性质，都是由上帝的意志所决定的，根本不存在自然的因果和规律。大体上可以说，在近代科学发展起来之前，普天之下耽迷于宗教的善男信女都是受这种神学世界观所控制的。

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在欧洲中世纪基督教经院神学中，这种神学世界观采取了一种特殊的哲学仪式。神学家们先后受柏拉图的「理念论」，亚理士多德的「形式质料说」和新柏拉图主义的「流溢说」的影响，把它们与上帝决定一切的神学信条结合起来，形成了一套颇有特色的说明世界现象的理论模式。他们认为世界上一切现象，各种事物的性质，都是上帝按照其思想中的「理念」或「形式」创造出来的。因此，这些理念或形式也就是一切事物的「原型」或「模式」。如果人们想要追溯事物何以具有具有构成其特性的性质，只要把他们说成是上帝按照其理念的原型创造而出就行了。也就是说，事物之所以具有如此这般的性质，表现为如此这般的现象，原因在于它们「分有」作为其原型的理念或形式。桌子之所以是桌子，原因在于它分有桌子的「理念」，红花之所以是红的，根源于它分有红的「形式」。理念和形式是决定事物之外在性质的「隐秘性质」。我们可把这种理论称之为「隐秘性质说」。隐秘性质说是欧洲中世纪经院神学理解和说明世界的基本思维模式，直到牛顿时代仍在自然科学领域保有其强大的影响。牛顿的门徒科茨在其为牛顿的《自然哲学的数学原理》一书第二版写的序言中谈到过这一情况：「有些人把一些特殊面隐蔽的性质归属于不同种类的物体：根据他们的看法，一些特定的物体的现象是按照某种不知其所以然的方式进行的。渊源于亚理士多德和消遥学派的各种经院学派，它们各种学说的总合，就是以这个原则为基础的。他们断定，物体的各种作用是由这些物体的特殊性质所引起的。隐秘性质说本质上是上帝创世论的一个变种。在自然观上，它用一种隐秘的性质说明自然事物的现象和性质，完全是一种同语反复的废话。用这种方式解释自然，除了增添一个更加神秘、更难理解的隐秘性质以外，不可能使我们对自然界的认识前进一步。相反，它必然会把我们导向超自然领域，从上帝心中的理引出一切自然现象和性质的根据和原理。

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显而易见，上述上帝安排一切的天命论，上帝创造万物的创世说和隐秘性质说是自然科学的对立物。整个中世纪时期，自然科学之所以长期处于停滞状态，与诸如此类的神学世界观的泛滥流行有着密切的关系。因此，对它们的批判与否定是近代实验科学发展的前提和条件。

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问题在于，既然自然界的一切现象，自然物的一切属性不是从上帝那里出生，不是出自上帝天命的安排，在上帝那里没有什么隐秘的性质(理式)作为它们的原型，那末，它们的原因和根据何在？自然事物何以能产生和消灭，变化和发展？一种事物何以具有此种性能，另一种事物又何以具有彼种性能？要想在对这些问题的回答中排除上帝和天命的作用，就得在消除神学自然观的同时，对自然事物进行具体的科学研究，这就导致近代实验科学的兴起和发展。

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十七世纪首先在欧洲兴起的近代实验科学主要是以机械力学为中心的物理学和从炼金术中脱胎而出的化学。实验科学的根本特点是用科学实验的方式排除次要的，非本质的因素，孤立并再现自然过程中的本质联系，藉以探索那决定自然过程的因果关系和自然规律，发现它们之间的准确的数量关系，并力图用数学方程式予以表述。就像刻卜勒发现天体运动的力学规律一样，新兴实验科学也要求发现普通自然物进行物理运动和化学变化时的力学规律。在实验科学的发展过程中，科学家们因此而逐渐培养起一种思想方式和说明方式(自然观)，要求用数学和机械力学的规律对整个自然界作统一的说明，把物质的一切性质还原为可以用数学和力学规律去把握的物质粒子的机械结构和数量组合。这就是盛行于十七、十八世纪的机械论自然观。这种自然观具有深刻的无神论意识，因为它在从神圣的天体到普通的自然物的整个自然界中排除了上帝安排一切的天命神学和神秘主义的隐秘性质说。近代实验科学的奠基和机械自然观的主要代表人物，在物理学中是伽里略的笛卡尔，在化学中是博伊尔。伽里略和笛卡尔强烈反对神秘主义的隐秘性质说。伽里略认为，为了说明一种自然现象而假定某种相应的隐秘的质作为根据，绝对不能说明任何问题，因为这些隐秘的性质究竟是什么东西，更待说明。笛卡尔指出：「我们不应该在解释这些事物时，杜撰一些莫名其妙的新奇事物，如元质(first matter)、实体的形式(substantial forms)以及许多人所爱假设的好些性质。因为这些性质和我们所实在知觉的事物并无关系，而且它们本身比它们所要解释的那些事物还要难懂。」伽里略和笛卡尔都认为自然物体本身所固有的「质」，只有两种：一是对空间的占有(广延性)，一是进行运动。一切物体都是物质微粒(原子或分子)组成的，由于物质微粒有不同的形状、大小(广延性)，它们组成物体时又有不同的数量和空间排列，又有快慢不等的运动，于是就产生出自然物的各种不同的性质，构成千变万化的世界。他们用这种机械论的自然观去说明各种物理现象，把物理学变成一门真正的实验科学。博伊尔把这种自然观应用于化学研究之中，把元素的一切物理性质和化学性质也归结为物质分子的机械组合和空间排列，奠定了近代化学的基础。伟大的牛顿继承和发展了这种自然观，用以说明声光电磁等各种现象，在各种领域都取得了重大的成果。同时，他又研究自然物体的规律和和自然物体之间互相作用的规律，发现了三条普遍性的规律，这就使得整个自然界的一切现象都被纳入牛顿力学的范围。自然界的一切运动，一切变化都服从于自然规律的支配，都有其数学的必然性，都因此而得到合乎规律、合于理性的说明。不仅在天体运动范围内，而且在一切普通自然物的范围之内，都没有任何超自然的力量，上帝和神灵对于自然物的主宰作用基本上被近代实验科学清洗出去了。近代实验科学具有鲜明而深刻的无神论意识，它直接导致哲学和宗教观上的无神论。这就是：十七世纪以霍布斯为代表的机械唯物主义无神论，十七世纪到十八世纪遍及整个欧洲的自然神论，一直发展为十八世纪法国的战斗无神论和十九世纪德国的费尔巴哈人本主义无神论。

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十九世纪，由于电子的发现，十七、十八世纪的机械论物质观受到了冲击。现代物理学的一系列重大发现，从宏观到微观，从大宇宙到小宇宙，使我们对物质的认识进入到了新的层次。这既不意味着机械论自然观的否定，也不意味着它所具有的无神论价值发生动摇。相反，现代物理学用更丰富的科学事实，在更深的层次上一再证明物质的一切属性都决定于物质微粒在结构为物时的数量组合和空间排列。这种说明方式已从物理学扩展到生物学、遗传学，建立了分子生物学和分子遗传学。近年来，又进一步扩展到与大脑相联系的精神科学。一当这种自然观进到一个新的领域，原来占据那个领域的超自然势力就被自然科学驱逐出去。十七世纪以来，近代实验科学所开始的这个从自然界各领域中清除上帝主宰作用的进程仍在继续，它的势头是不可阻碍的。